横岭湖县级自然保护区成立于2000年6月，由湘阴县林业局森保站兼行其职权。2003年升格为省级自然保护区。2006年6月，中共湘阴县委机构编制委员会以湘编发[2006]14号文件批复，同意设立湘阴县林业局横岭湖自然保护区管理分局，属林业局内设股级单位，下设王家河、青山岛两个管理站。2020年3月，中共县委办公室以湘阴办发[2020]18号文件通知，经县委编办审核，县委、县政府批准同意设立湘阴县横岭湖省级自然保护区管理委员会，属政府直属公益一类正科级事业单位。内设机构综合办公室、社会事务部、科普宣教部、生态保护部、计划财务部、综合执法部。下设机构湖洲服务中心、青山岛管理站 、杨雀潭管理站、张家汊管理站、弓管子管理站、张家湾管理站、荷叶湖管理站、新化沟管理站。